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微生物发酵饲料是指在人为可控制的条件下，以植物性农副产品为主要原料，通过一种或多种有益微生物的代谢作用，降解部分多糖、蛋白质和脂肪等大分子物质，生成有机酸、可溶性多肽等小分子物质，形成营养丰富、适口性好、活菌含量高的生物饲料。
微生物发酵饲料的菌种必须符合安全原则，不能产生有毒有害的物质；不能危害环境固有的生态平衡；菌体本身具有很好的生长代谢活力，能在培养基中迅速生长，能有效地降解大分子和抗营养因子，合成小肽和有机酸等小分子物质。菌种能保护和加强动物体菌群的正平衡。可以通过两种方式来达到目标：发酵饲料的生产菌种本身就是从饲养的目标动物消化道中分离出来的有益菌；另一种方式是生产菌种或代谢产物可以选择性地杀灭或者抑制有害微生物，从而造成有益菌数量优势菌群。
微生物发酵饲料中含有大量的有益菌，饲喂动物时会产生一些具有特殊生理活性的小肽，参与机体的生理活动，促进氨基酸和矿物质的吸收，提高蛋白质的合成，促进动物生长，还能改善饲料风味和提高饲料适口性，从而提高动物生产性能。
微生物种类众多，资源丰富，开发潜力巨大，发酵原料来源广泛，内蒙古发酵饲料厂可以减少环境污染，同时又变废为宝，得到产品价格低廉，易于生产推广。微生物发酵饲料可以大大降低药源性疾病，改善动物整体健康状况，还可以生产出无抗生素残留的优质畜禽产品，满足人们对绿色健康食品的迫切需求。
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